เนื่องจากได้มีข้อร้องเรียนเกี่ยวกับการดำเนินการตามโครงการของกรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก
ดังนั้น เพื่อป้องกันมิให้เกิดการทุจริต กรมจึงได้ออกแนวทางการโอนเงินเพื่อดำเนินงานตามโครงการ
ตามหนังสือ กรมการแพทย์แผนไทยและการแพทย์ทางเลือก ที่ สธ 0513.01/ว216 ลงวันที่ 14 มกราคม 2563 โดยมีรายละเอียด ดังนี้